Már kora gyermekkorában találkozik a bécsi udvarban a későbbi királlyal, II. Rudolffal. Tőle később magas tisztségeket kap, így például horvát és szlavón bán, királyi főpohárnok és kamarás.

1524. június 30-án II. Lajos neki ajándékozza a németújvári várat és az uradalmat. Ez idő óta része a Batthyány családnévnek a „de Németújvár” elnevezés.

Azért, hogy horvátjait megvédje a fenyegető török veszélytől, I. Ferenc bán 1538-ban áttelepíti őket németújvári uradalmába.

A mohácsi csatában I. Ferenc a magyar hadsereg jobb szárnyának, 3000 lovasnak és mintegy 1000 gyalogosnak a parancsnoka.

1527-ben I. Ferdinánd császártól megkapja Szalónakot és Rohoncot.

Az ő idejére tehető a reformáció térhódítása a családban. Második felesége, Katharina Svetkovics a reformáció követője volt – s a történelembe mint a szegényeket különösen segítő és nagylelkű asszony kerül be.

Halála előtt három évvel még egy kitüntető feladatot kap: II. Maximilián koronázásakor ő viszi a koronát.

Nagybátyja, I. Ferenc teljes vagyonát örökli meg, mivel édesapja, I. Kristóf († 1570) fiatalon meghal.

Boldizsár művelt ember, kiváló hadúr és magyar patrióta. 1569-ben felveszi a protestáns vallást, s Németújvár a nyugat-magyar reformáció fellegvára lesz. Kálvin támogatója és követője. Minden egyes birtokán (Vasváron, Székesfehérvárt, Tolnában, Somogyban, Veszprémben, valamint rohonci, szalónaki birtokain és az Őrség 18 településén) elfogadtatja a reformáció tanait.

1566-ban feleségül veszi egykori játszópajtását, a 16 éves Zrínyi Dorottyát, a szigetvári hős, Zrínyi Miklós lányát, akinek a családja már jóval korábban áttért a protestáns hitre. Nagybátyjához, I. Ferenchez hasonlóan ifjú éveit a bécsi udvarban tölti, de Párizsban és Padovában is tanul. Nem csak katolikus szerzők kéziratait és könyveit gyűjti, Németújvárott többezer könyvet számláló könyvtárat alapít, mivel sok minden érdekli. Ez a későbbi kolostori könyvtár értékes magját képezi. Érdekli a botanika és – sok egyéb mellett – a zene is. Török foglyok alkotta saját zenekart tart, ő maga szívesen játszik lanton. De Németújvárra hívja az ismert holland botanikust, Carolus Clusis mestert is, miután II. Rudolf elbocsátotta őt protestáns volta miatt. Clusius Németújvárott a török foglyok által behozott és addig ismeretlen növényeket vizsgál, mint pl. a tulipánt és a gesztenyét. III. Boldizsár a ljubljanai születésű vándornyomdászt, Johannes Manilust is itt telepíti le. Manilus 10 évig dolgozik a Boldizsár által létrehozott nyomdában. Így például Clusius kiadhatta az első osztrák botanikai könyvet „Stirpium nomenclator Pannonicus” címmel.

Gyenge egészsége ellenére részt vesz a török elleni harcban. I Ferdinánd tábornokká nevezi ki, de sikerei elismeréseként (1578-ban és 1587-ben 3000 lovassal megvédte Kanizsa várát, valamint legyőzte a sárvári pasát) főasztalnok-mesteri és magisztrátusi címet kap. II. Maximilián és II. Rudolf koronázásakor pohárnok és a nádor helyettese. III. Boldizsár 1590. február 1-jén hal meg, három gyermeket hagyva hátra: Dorottyát, Katarinát és Ferencet.